雨災過後，雞場疾病以腸炎及呼吸道問題較多；主要因爲雞舍內潮濕、氨氣排除不良以及吃到污染飼料所引起。腸炎和大腸桿菌通常是消化道感染所至，喝了髒水和吃了被污染的飼料；主要症狀就是雞隻拉稀，料糞等。為了防止這種情況出現一方面我們應要做好現場管理，防止病從口入並注意呼吸道問題。

同樣地，球蟲也常在雨天過後發生，平飼因為地面潮濕(包含蛋雞育成期)，球蟲卵會發育成有感染力的狀態，這種蟲卵如果被雞吃到肚子中去，就會造成腸粘膜的損傷，引發球蟲病。對於球蟲病的防治，應該根據自己雞場的情況，如果雞場發生過球蟲，建議提前使用預防球蟲的藥物；如果沒有發生過，應該多注意糞便情況，如果糞便中發現紅色，或者粉紅色的糞便，就要有所警惕，考慮是否發生了球蟲。

留意場內散裝桶，天車，飼槽中濕料和墊料清除，防止黴菌毒素影響。若有積水，退水後要立即全場消毒預防疾病源傳播，排空容器積水，避免蚊蟲肆虐與白冠病傳染機會增加。

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